Onafhankelijkheid CTIVD
Het toezicht op de inlichtingen- en veiligheidsdiensten en de behandeling van klachten en meldingen van misstanden moeten niet alleen op deskundige wijze plaatsvinden, maar ook onafhankelijk van de diensten en van de politiek.
Bij de oprichting van de CTIVD en de totstandkoming van de afdelingen was dit het uitganspunt. Zo kan de CTIVD zelf bepalen wat zij onderzoekt. De bevindingen stuurt zij in openbare rapporten naar de Tweede Kamer. Ook bepaalt zij zelf welke beslissingen zij neemt inzake klachten en meldingen van misstanden. Haar budget is deel van de Rijksbegroting.
De onafhankelijkheid van de CTIVD blijkt ook uit de benoemingsprocedure van de leden van de afdelingen toezicht en klachtbehandeling. Bij een vacature wordt de eerste selectie van kandidaten gemaakt door de vice-president van de Raad van State, de president van de Hoge Raad en de Nationale ombudsman. Zij stellen een aanbevelingslijst op en sturen deze naar de Tweede Kamer. De Vaste Commissie voor Binnenlandse Zaken van de Tweede Kamer spreekt met de kandidaten en kiest drie personen uit. De Tweede Kamer stemt hierover en stuurt de lijst met drie personen in de volgorde van voorkeur naar de ministers van Algemene Zaken, Defensie en Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties. Deze ministers zijn gehouden een kandidaat te kiezen uit de lijst. De Koning benoemt de betrokken kandidaat tot lid van de CTIVD voor de periode van zes jaar.
Het is bijzonder dat in deze benoemingsprocedure de drie staatsmachten (achtereenvolgens de rechtsprekende macht, de wetgevende macht en de uitvoerende macht) vertegenwoordigd zijn. Bij de benoeming van een rechter bijvoorbeeld, is het parlement niet betrokken. De procedure lijkt eigenlijk nog het meest op die van de benoeming van de ombudsman.
Onbevooroordeeld
Bij de totstandkoming van de afdelingen toezicht en klachtbehandeling is veel aandacht geweest voor het borgen van de onbevooroordeeldheid. De wetgever heeft willen voorkomen dat commissieleden in het kader van een klacht of een melding van een misstand oordelen over een kwestie waarover zij reeds eerder in het kader van het toezicht een oordeel hebben gegeven. Dat is ook de reden geweest twee afdelingen op te richten. In de praktijk betekent dit dat de leden van de afdeling toezicht niet betrokken zijn bij de behandeling van en de besluitvorming over klachten en meldingen van misstanden. De voorzitter en de leden van de afdeling klachtbehandeling zijn niet betrokken bij het toezicht.